Categories

Entrada publicada a:

dilluns, 11 de novembre de 2013

La combinació de genòmica i epigenòmica permet identificar per què alguns pacients neixen sense pàncrees

Sovint els estudis genòmics no identifiquen les causes d’una malaltia o d’una malformació hereditària, fins i tot després d’analitzar la seqüencia de tots els gens coneguts. Cal anar més enllà de la seqüència dels gens i entendre els mecanismes reguladors de la seva expressió. Així ho demostra un treball que publica la revista Nature Genetics, en el que es combinen estudis de seqüenciació del genoma sencer i anàlisis d’epigenòmica per explicar per què unes poques persones neixen sense pàncrees. L’estudi ha estat encapçalat per investigadors de la University of Exeter (Regne Unit), l’IDIBAPS i l’Imperial College de Londres (Regne Unit). Els co-primers signants són els doctors Michael N. Weedon, de la University of Exeter, i Inês Cebola, de l’IDIBAPS i l’Imperial College de Londres, mentre que els co-directors de l’estudi són el Dr. Jorge Ferrer, cap de l’equip IDIBAPS Programació Genòmica de Cèl·lules Beta i Diabetis i actualment Chair in Genetics and Medicine a l’Imperial College de Londres, i el Dr. Andrew T. Hattersley, de la University of Exeter. L’estudi ha comptat, entre d’altres, amb el suport del CIBER de Diabetis i Malalties Metabòliques (CIBERdem).

L’estudi s’ha centrat en una malaltia hereditària greu però molt poc freqüent, l‘agenèsia pancreàtica, en la que els afectats neixen sense pàncrees. Sovint els pacients que neixen sense pàncrees presenten altres afectacions, com ara malformacions cardíaques, neurològiques, al budell o al sistema endocrí. S’han identificat diferents mutacions responsables d’aquestes greus anomalies. Alguns d’aquests pacients neixen sense pàncrees i cap altra malformació, el que es coneix com a agènesi pancreàtica aïllada. La majoria d’aquests casos fins ara no tenien explicació genètica, malgrat estudis molt exhaustius. L’anàlisi conjunt dels elements reguladors del genoma que intervenen en el desenvolupament del pàncreas i de la seva seqüència en mostres de 12 famílies ha identificat que, en 10 d’aquestes famílies, la malformació és deguda a mutacions que destrueixen la funció d’un element regulador del gen PTF1A (Pancreas Transcription Factor 1A).

Només una petita part del genoma codifica proteïnes en forma de gens. La regulació de l’expressió d’aquests gens ha estat fins ara oculta en zones no codificants del genoma, en l’ampli espai del genoma que fins fa no massa es coneixia com el DNA escombraria (o junk DNA). Les tècniques de seqüenciació actuals permeten identificar totes les variacions genètiques en les zones no codificants del genoma de cada persona, però tenim més de 3 milions d’aquestes variants no codificants. Sense més informació, definir quina d’aquestes podria ser la causa d’una malaltia és com buscar una agulla en un paller. Per tant, cal més informació per donar significat a aquest tipus de mutacions.

En el cas del present article a Nature Genetics, els investigadors han definit les regions del genoma humà que intervenen en la regulació de l’expressió de gens durant la formació del pàncrees en embrions. Això va permetre demostrar que diverses mutacions en una d’aquestes regions no codificants del genoma, propera al gen PTF1A, són les responsables que els pacients neixin sense pàncrees. Aquesta zona no codificant del genoma només exerceix el seu paper estimulant l’expressió del gen durant el desenvolupament embrionari, i no té cap efecte posterior. Iniciatives com el projecte ENCODE intenten identificar aquest tipus d’elements reguladors del genoma que poden ser importants en l’aparició de malalties que, com en el cas de l’agènesi pancreàtica aïllada, no tenen una causa coneguda. L’estudi que es publica ara, per tant, representa un paradigma en aquest sentit, perquè demostra com la recollida sistemàtica d’aquest tipus d‘elements del genoma pot servir per identificar les causes de certes malalties.

Referència de l’article:
Michael N Weedon, Inês Cebola, Ann-Marie Patch, Sarah E Flanagan, Elisa De Franco, Richard Caswell, Santiago A Rodríguez-Seguí, Charles Shaw-Smith, Candy H-H Cho, Hana Lango Allen, Jayne A L Houghton, Christian L Roth, Rongrong Chen, Khalid Hussain, Phil Marsh, Ludovic Vallier, Anna Murray, International Pancreatic Agenesis Consortium, Sian Ellard, Jorge Ferrer & Andrew T Hattersley. Recessive mutations in a distal PTF1A enhancer cause isolated pancreatic agenesis. Nature Genetics (2013). Ahead of print. doi:10.1038/ng.2826
Llegiu el resum de l’article

Comparteix aquesta entrada

  • del.icio.us
  • Facebook
  • Google
  • E-mail this story to a friend!
  • LinkedIn
  • Technorati
  • TwitThis
  • Meneame
  • StumbleUpon

Els comentaris estan tancats.