Categories

Entrada publicada a:

dilluns, 15 de octubre de 2012

Científics espanyols desxifren els primers epigenomes de la Leucèmia Limfàtica Crònica

L’estudi, publicat avui a la revista Nature Genetics, representa una nova perspectiva en la investigació del càncer, ja que integra els resultats de la seqüenciació completa de l’epigenoma i del genoma en pacients afectats de leucèmia. Els investigadors identifiquen les cèl·lules que originen la malaltia, descobreixen nous mecanismes moleculars implicats en el seu desenvolupament i milloren el seu diagnòstic.

La investigació forma part del projecte del Consorci Espanyol del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica, que ha comptat amb la participació d’investigadors del Consorci Europeu BLUEPRINT per a l’estudi de l’epigenoma. Durant els darrers dos anys, aquest Consorci – que s’emmarca al seu torn dins del Consorci Internacional dels Genomes del Càncer – ha publicat dos destacats treballs en les revistes Nature i Nature Genetics que han permès caracteritzar el mapa genètic de les mutacions associades a la malaltia.

La Secretària d’Estat de Investigación, Desarrollo e Innovación del Ministerio de Economía y Competitividad, Carmen Vela, ha presentat avui al costat dels coordinadors del treball – Carlos López-Otín, de la Universitat d’Oviedo i Elías Campo, de l’Hospital Clínic i la Universitat de Barcelona -, i el director del mateix – Iñaki Martín-Subero, de la Universitat de Barcelona i l’Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), els nous resultats de l’estudi del Genoma de la Leucèmia. Una presentació que també ha comptat amb la presència del Director de l’Instituto de Salud Carlos III, Joaquín Arenas.

La secretària d’Estat d’I+D+i ha subratllat la “importància d’aquest estudi” i ha afirmat que treballs com aquest “evidencien la qualitat de la nostra ciència i dels nostres investigadors. Tot progres en aquest camp és important, i si el lideren científics espanyols a més d’important és molt gratificant. Espanya fa ciència de qualitat i estem treballant perquè així segueixi sent en el futur”.

Per la seva banda, Elías Campo ha recordat que els estudis previs del Consorci s’havien centrat en l’anàlisi de les mutacions del genoma implicades en el desenvolupament de la malaltia. “En aquest nou estudi – ha afegit – hem ampliat la nostra perspectiva a l’estudi de l’epigenoma, la qual cosa ens ha permès identificar les cèl•lules que originen la leucèmia i nous mecanismes que participen en el seu desenvolupament”.

“Si en els estudis genètics anteriors vàrem poder identificar més de 1.000 gens mutats en la leucèmia limfàtica crònica, l’estudi de l’epigenoma ha revelat més d’un milió d’alteracions epigenètiques en aquesta malaltia. Aquesta és una troballa inesperada i indica que l’epigenoma de les cèl•lules pateix una reprogramació massiva en el procés de desenvolupament del càncer “, ha explicat López-Otín.

Una de les grans novetats d’aquest estudi és que s’han analitzat en paral·lel el genoma i l’epigenoma. L’epigenètica es defineix com la ciència que estudia el conjunt de mecanismes moleculars que permeten activar o inactivar gens. Com explica López-Otín, “el genoma és un repositori d’informació mentre que l’epigenoma és l’encarregat d’executar aquesta informació per al correcte funcionament de les cèl·lules”.

Gràcies a les noves tècniques de seqüenciació massiva del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica de Barcelona i la utilització de microarrays d’alta densitat, aquest nou estudi ha desxifrat per primera vegada l’epigenoma complet d’aquesta malaltia amb descobriments inesperats. “Fins ara, la majoria dels estudis d’epigenètica es centraven en l’anàlisi d’una petita fracció del genoma que es considerava rellevant per a l’expressió dels gens. Les nostres troballes demostren clarament que la majoria de les alteracions epigenètiques tenen lloc en regions del genoma que anteriorment no s’havien estudiat “, ha remarcat el director de la investigació, Iñaki Martín-Subero.

Aquest estudi apareix poques setmanes després de la publicació dels resultats del Projecte ENCODE, que indiquen que la majoria de regions del genoma que es consideraven com ‘ADN escombraria’ contenen en realitat un elevat nombre de regions reguladores de l’activitat dels gens. “En integrar les nostres noves dades amb les del Projecte ENCODE ens ha sorprès observar que la majoria de les alteracions epigenètiques en la leucèmia tenen lloc en aquests nous dominis reguladors de l’activitat gènica”, ha emfatitzat Martín-Subero.

Aquest estudi del Consorci Espanyol del Genoma de la Leucèmia és un exemple d’investigació biomèdica interdisciplinària en què han participat especialistes en epigenètica, genètica, biologia molecular, bioinformàtica, anatomia patològica i hematologia clínica. “Aquesta aproximació integradora i de treball en conjunt és una de les claus de l’èxit del nostre Consorci”, ha remarcat Elías Campo.

L’objectiu del Consorci és caracteritzar en detall les alteracions moleculars associades a la malaltia i traduir aquest coneixement en un benefici per als pacients afectats. L’estudi que avui es presenta ofereix una nova aproximació per millorar el diagnòstic de la malaltia. En paraules del doctor Martín-Subero, “hem descobert que els patrons epigenètics permeten classificar els pacients amb leucèmia limfàtica crònica en tres grups amb un curs clínic diferent”. “Un aspecte molt interessant és que cada grup clínic de leucèmies manté una memòria epigenètica de la cèl•lula de la qual es va originar. Les leucèmies amb pitjor pronòstic semblen derivar de limfòcits immadurs mentre que les menys agressives es relacionen amb limfòcits madurs “, ha detallat.

El Consorci Espanyol per a l’Estudi del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica està finançat per la Secretaria d’Estat d’I+D+i del Ministerio de Economía y Competitividad a través de l’Instituto de Salud Carlos III i s’emmarca dins del Consorci Internacional dels Genomes del Càncer.

Aquest Consorci està format per més d’una dotzena d’Institucions, entre les quals s’hi inclouen l’Hospital Clínic de Barcelona; Instituto Universitario de Oncología de la Universidad de Oviedo; la Universitat de Barcelona; l’Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS); el Centre de Regulació Genòmica de Barcelona; l’Institut Català d’Oncologia; l’Hospital Universitario y Centro de Investigación del Cáncer de Salamanca; l’Hospital Universitario Central de Asturias; l’Hospital Clínico de Valencia; l’Hospital Marqués de Valdecilla, Santander; el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas; la Universidad de Deusto; la Universidad de Santiago de Compostela; el Barcelona Supercomputing Center – Centre Nacional de Supercomputació; el Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica, i l’Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona.

Punts clau de l’estudi:

  • La disponibilitat de seqüenciadors d’última generació al Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica ha permès caracteritzar l’epigenoma de la leucèmia en un temps relativament curt.
  • L’anàlisi del gran volum de dades generades en aquest projecte ha requerit la creació de nous mètodes que han estat desenvolupats principalment en el grup de recerca del doctor Martín-Subero i pel grup de bioinformàtics del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica de Barcelona.
  • El treball de diverses dècades a l’Hospital Clínic de Barcelona sobre la Leucèmia Limfàtica Crònica ha permès al consorci disposar de mostres biològiques i dades clíniques de centenars de pacients que s’han utilitzat per definir la rellevància clínica de l’estudi de l’epigenoma d’aquesta malaltia.
  • A més d’estudiar l’epigenoma de 139 pacients amb leucèmia limfàtica crònica, els investigadors han analitzat diversos subtipus de limfòcits normals de la sang, la qual cosa ha permès identificar l’origen cel·lular dels grups de leucèmies amb diferent curs clínic.
  • El treball integrat d’experts en diverses disciplines científiques i mèdiques ha permès que aquest estudi no només tingui implicacions en el coneixement molecular i cel·lular de la leucèmia sinó que també ha proporcionat dades per millorar el diagnòstic dels pacients.

Consorci Internacional del els Genomes del Càncer
El Consorci Espanyol per a l’Estudi del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica està finançat per la Secretaria d’Estat d’I+D+i a través de l’Instituto de Salud Carlos III i s’emmarca dins del Consorci Internacional dels Genomes del Càncer (ICGC).

El ICGC es va posar en marxa a finals de l’any 2008 amb la participació de 8 projectes d’investigació, entre ells el Consorci Espanyol del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica. Actualment, agències de finançament en 15 jurisdiccions de 4 continents estan promovent un total de 47 projectes que ja han iniciat l’estudi de 18.000 genomes tumorals. L’objectiu de l’ICGC per als propers anys és el d’ampliar aquest treball i analitzar el genoma, el transcriptoma i l’epigenoma de 500 pacients afectats amb 50 tipus diferents de càncer. (Veure mapa adjunt)

 

Consorci Espanyol per a l’Estudi del Genoma de la Leucèmia Limfàtica Crònica: www.cllgenome.es

Consorci Internacional dels Genomes del Càncer: www.icgc.org

Comparteix aquesta entrada

  • del.icio.us
  • Facebook
  • Google
  • E-mail this story to a friend!
  • LinkedIn
  • Technorati
  • TwitThis
  • Meneame
  • StumbleUpon

Els comentaris estan tancats.